スクリプス研究所は、 1924年にサンデェイゴの篤志家のEllen Browning Scrippsの寄付で設立されました、スクリプス代謝疾患クリニック（スクリプス・クリニック）がその前身です。その後、スクリプス・クリニックの付属研究所として運営されていましたが、1991年に独立してスクリプス研究所となりました。
現在は、サンディエゴのラホヤとフロリダ州のジュピターの2ヶ所で研究所を運営し、合計2,700名の研究者が癌をはじめとして、分子生物学、生化学、免疫学、分子神経科学、神経生物学、老人医学などの部門で多岐にわたる医学生物学の基礎研究を行っています。ライフサイエンス・イノベーションのメッカともいえる研究所です。
1980年以降、スクリプス研究所からスピンアウトしたベンチャー企業は70社以上あり、代表的な企業としては、Quidel（Nasdaq上場）、Stratagene(Nasdaq上場後、2005年にAgilentが$250mmで買収)、Corvas、Avanir（大塚製薬が2014年に$3.5bilで買収）、Sangamo Biosciences（Nasdaq上場）、ActivX Biosciences（2005年に杏林製薬が買収）、Syrrx（2005年に武田薬品が買収）、Cypher Genomics（2015年にサンディエゴのHuman Longevityが買収）などがあります。