サンディエゴには大きな総合大学（定義が難しいですが）が3つあります。カリフォルニア大学サンディエゴ校（University of California, San Diego: UCSDと略します）、サンディエゴ大学（University of San Diego: USD）、サンディエゴ州立大学（San Diego State University: SDSU）です。かなり紛らわしいですね。UCSDとSDSUは公立（州立）、USDは私立（カトリック系）です。
カリフォルニア大学は州内に10校あり、大学院を中心とした研究重点型の大学です。創立順に、バークレー（1868年）、サンフランシスコ（1873年、医薬学系学部のみ）、ロサンジェルス（1919年）、サンタバーバラ（1944年）、リバーサイド（1954年）、デイビス（1959年）、サンディエゴ（1960年）、アーバイン（1965年）、サンタクルーズ（1965年）、マーセド（2005年）の10校です。10校あわせて24万人ほどの学生が就学してます。
研究重点型の大学の指標のひとつですが、カリフォルニア大学のノーベル賞受賞者は総計で127名に上っています。創立147年になるUCバークレーが70名でトップ、ついで創立まだ55年のUCサンディエゴが21名（うち16名はUCSDで教鞭をとりました）となっています。
UCSDは特に工学部（Jacobs School of Engineering）と、医学部が良く知られています。工学部のバイオエンジニアリングリング部門（工学部内の専攻）がその両者をつなげる重要な役割を果たしており、最先端の研究を行っています。大学全体の研究費総額は、年間11億USドル（約1300億円）にのぼっています。これらの学部･大学院の研究成果を基にして、テクノロジーベンチャーが生まれてきます。その技術のインキュベーターとして、UCSD学内にVon Liebig Entrepreneurism Centerや、The Basementなどがあります。これらの学内インキュベーターについては、別途詳しく記載いたします。